京都の港町で浦島太郎になぞらえた怪事件が発生。コナン、蘭、小五郎は、依頼人・辻貫太の船宿を訪れる。辻によると、事件の始まりは二週間前に友人の山岡武史が行方不明となったこと。捜索中、突如鳴り響く浦島太郎のメロディ。音の鳴る方から流れてきたのは、山岡の遺体が乗せられた船。船内には亀の甲羅と玉手箱。しかも山岡は髪が真っ白になってしまっていた。その姿はまるで竜宮城から戻った浦島太郎のようで……。