見た目は子供だが、その正体は高校生名探偵・工藤新一。幼なじみで同級生の毛利蘭と遊園地に遊びに行き、黒ずくめの男の怪しい取引現場を目撃し、開発中の薬を飲まされ、小学生の体になってしまう。その日以来、正体を隠すため、仮の名・江戸川コナンと名乗り、幼なじみの蘭の家に居候しながら、数々の事件を解き明かす日々を送っている。すべては自分の体を取り戻すため。
