事件ファイルCASE FILE
新幹線大爆破事件（デジタルリマスター）
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小五郎は友人の結婚式に出席するため、コナン、蘭、歩美、元太、光彦を連れて新幹線で京都へ向かう。コナンはキック力増強シューズ、犯人追跡メガネを身に着けていた。これは阿笠博士が犯人を捕まえる時に役に立つと用意してくれたものだった。コナンは新幹線の車内で、自分を子供の姿にした黒ずくめの2人組を見つける。コナンは客車から食堂車へ移動した2人を尾行。だが、蘭に見つかって強引に連れ戻される。コナンはメガネから外した小型盗聴器を2人の近くに仕掛ける。
この後、コナンはデッキへ移動して盗聴器を操作。盗聴器から2人の会話が聞こえてくる。コナンは声を聞き、自分を子供の姿にした黒ずくめの2人と違うかもしれないと感じる。そして、コナンは顔も確認しに行き、上田と下田は黒い服を着ているだけの別人だと気付く。コナンは上田と下田の会話からタバコを我慢していた事を知る。上田が持っていた黒いアタッシュケースはいつの間にかスーツケースに替わっていた。2人は取り引きして4億円を手に入れたと喜ぶ。上田たちが取り引き相手に渡したアタッシュケースは高性能爆弾が入っていて午後3時10分に爆発。その時刻になると何も知らずに自分でスイッチを押してしまう仕掛けが施されていて、その爆弾は新幹線が木っ端微塵になる威力だという。
コナンは爆発を阻止するため、上田と下田から情報を聞き出そうとするが、2人は名古屋駅に到着すると新幹線から降りてしまう。時刻は午後2時30分。爆発までは40分しか残ってなく、コナンは取り引き相手を捜し出す事に。コナンは車掌に爆弾の話をするが、子供の姿のため、全く信じてもらえない。今度は偶然乗り合わせていた容疑者を護送中の目暮警部に事情を伝えようとするコナンだったが、小五郎に邪魔されて断念。コナンは黒いケースを手がかりに自分で取り引き相手を捜す事に。
コナンは2人がタバコを我慢していた事を思い出し、取り引き相手は禁煙車にいると推理する。さらにコナンは2人が取り引き相手の席から景色を見下ろせると話していた事から禁煙のグリーン車の7号車の2階に取り引き相手がいると考える。この後、コナンは7号車2階に移動して困惑。黒いケースを持っている人物は4人もいたのだ。コナンは黒いケースを持つサラリーマン風の男性、キャリアウーマン風の女性、恰幅の良い老人、ガラの悪い男性に声をかけて探りを入れるが…。爆破時刻の3時10分は刻一刻と迫っていた…。