警視庁に怪盗キッドからの犯行予告が届いた。「黄昏の獅子から暁の乙女へ　秒針のない時計が12番目の文字を刻む時　光る天の楼閣から　メモリーズ・エッグをいただきに参上する　世紀末の魔術師　怪盗キッド」。

　予告上のメモリーズ・エッグとは、最近、鈴木財閥の蔵から発見されたロマノフ王朝の秘宝で51番目の“インペリアル・イースター・エッグ”のことを指しているようだ。“インペリアル・イースター・エッグ”はロシア皇帝が皇后への復活祭の贈り物として宝石細工師に作らせた卵形の宝飾品で、1885年から1916年まで50個作られたとされていたのだが、蘭の親友・園子の家で51個目のメモリーズ・エッグが発見されたのであった。警視庁は予告上を解読し、8月22日の夕方から翌23日の明け方までの間に大阪城の天守閣に怪盗キッドが現れると判断し、大阪府警と合同で特別警戒態勢を敷く。

　依頼により操作に協力することになった小五郎は、コナン、蘭と共に大阪に行き、23日からメモリーズ・エッグを展示することになっている大阪城公園内の鈴木近代美術館に到着する。美術館には怪盗キッドに会えるとはりきっている園子と、父親の鈴木財閥会長・鈴木史郎、西の高校生探偵服部平次、和葉のほかに、ロシア大使館の一等書記官セルゲイ、美術商の乾、ロマノフ王朝研究科の青蘭、映像作家・寒川らが集まっていた。皆、時価8億円とも言われるメモリーズ・エッグを狙っているようだ。怪盗キッドが何時に現れるのか、予告状の「秒針のない時計が12番目の文字を刻む時」を時計の長針と短針がアルファベットの12番目の文字「Ｌ」の形になる午前３時だと決めつけた小五郎の推理に従い、警察は警備を整える。コナンと平次は時計の針が予告状の12番目の文字「へ」の形になる午後7時20分、大阪城の天守閣ではなく通天閣に怪盗キッドが現れると気づくが、その変電所が爆破され、大阪は停電に見舞われる。

　通天閣からエッグの隠し場所を確認した怪盗キッドは、まんまとエッグを盗み出すことに成功する。平次のバイクで怪盗キッドを追うコナンと平次だが、交通事故に巻き込まれ、平次は負傷してしまう。コナンは単身でキッドを追い詰めるが、キッドは何者かに狙撃され、エッグとキッドの打ち抜かれたモノクル（単眼鏡）だけが残される。キッドの制止は不明だが、無事、事なきを得たエッグにさらなる秘密が隠されていたことが明らかになる。鈴木美術館を訪れた香坂夏美という女性は、曾祖父が“インペリアル・イースター・エッグ”の工房で細工職人をしていたという。

　そして家に残されている古い図面と写真に写っているエッグが違うと主張していた。真ん中が破られたその図面は、メモリーズ・エッグのものに間違いないが、鈴木家で発見されたものとは確かに違っていた。コナンは、この図面が二つのエッグを描いた図面の両端であって、実際はエッグが２つあったのではと推測する。そして鈴木家のエッグの底にはめ込まれた鏡に、横須賀の香坂家の城が浮かび上がる細工が施されているのを発見する。メモリーズ・エッグは香坂家にあったものだったらしい。夏美に招待され、コナンと小五郎、蘭、青蘭、寒川、乾、セルゲイは船で横須賀の城に向かう。船中で何者かが寒川を襲った。

　寒川は、怪盗キッドと同じように右目を撃ち抜かれて死亡し、寒川が持っていた王女マリアの指輪が紛失していた。コナンは阿笠博士に調べてもらい、国際手配されているスコーピオンと呼ばれる強盗の存在を知る。ロマノフ王朝の財宝を専門に盗み、いつも相手の右目を撃ち抜いて殺す手口は今回と全く同じだった。怪盗キッドばかりか、スコーピオンもメモリーズ・エッグを狙っているのか？コナンは香坂家の城で「世紀末の魔術師」と呼ばれていたという夏美の曾祖父の仕掛けたカラクリに挑んでいく･･･。