事件ファイルCASE FILE
孤島の姫と龍宮城（解決編）
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小五郎と平次の東西推理対決というテレビの企画で、コナンたちは沖縄にやって来た。１年前、『鬼亀島』と呼ばれる無人島で奇妙な文字を背にして餓死した男の遺体が発見されたという事件の謎を解くため下見に行くスタッフに同行し、島に渡った平次とコナン、蘭と和葉の４人だったが、スタッフの１人・伊江が絞殺死体で発見され、乗ってきたクルーザーの船長・下地も殺害された。 船の無線機を壊し、燃料とコナンたちの荷物まで捨てて島に閉じ込めようとした犯人の狙いは何なのか？
島の町長・金城の周辺で起きた事件の数々は、今回の事件と関わりがあるのか？ コナンと平次は伊江と下地の殺害方法に違いがありすぎること、別荘にあった椅子に子供の字で書かれた名前に不自然なところがあること、あるはずの名前が２つ足りないことに気づく（前回まで）。
島に取り残され、殺人犯の影におびえながら、コナンたちは廃墟のような金城家の別荘で救助船を待って夜を明かした。平次はダイニングルームで見つからなかった「ちよにい」と「かあちゃん」と書かれた椅子をキッチンで見つける。
和葉は「かあちゃん」が家政婦の松本嘉子のことではないかと推測し、コナンと平次も納得するが、「ちよにい」の正体がわからない。コナンは「ちよにい」と書かれた文字の下に「どじょうさん」と書いて消した跡があるのに気づく。だが、それが何を意味するのかはわからない。蘭と和葉との会話から、コナンと平次は伊江を殺した犯人のトリックに気づく。
犯人のメッセージが波に消されてしまったように見える浜辺には、コナンの小さな足跡が見落とされ、くっきりと残っていた。消されていたメッセージ「姫眠るるは甲なりて乙にあらず」は、もう証拠として使えない。二人は一計を案じ、犯人を森に誘い出し、証拠を持ち出させようと考える。別荘に戻り、二人は残った４人のスタッフに「犯人のトリックと、その犯人が俺らとずーっと一緒におったということも、わかってしまった」と告げる。「犯人が誰かということは、１人ずつ話を聞いてから決める」と言い、平次は久米を部屋の外に連れ出す。
30分後、ほかのスタッフと和葉、蘭が待つダイニングルームに平次の叫び声が聞こえてくる。久米が逃げたという。「自殺でもされたら、洒落にならんで」という平次の言葉に、全員で手分けして島の捜索を始める。森の中に走りこんだ男の影が何かを見つける。シートが被されたボートとその中に隠されていた金属ケースのようだ。その時、男の背後からロープが首に回され、後ろに引っ張られる。何者かが男の首を締め上げる。男は口にくわえていたナイフでロープを切り、犯人に向き直る。「あんたを罠にかけたんや」。平次とコナンは犯人に二人の推理を突きつけ、町長の娘・都の誘拐事件に始まる事件の全貌を明らかにしていく。