ヤッターマン２号を取り戻すためドクボンを追ってドクロ島へと駆けつけた１号の目の前で、とうとうドクロベエが復活してしまう。手を出そうにも強力なバリアで阻まれ、１号は近づくことすらできない。焦る１号を尻目にドクロベエはドロンボーたちに、ちょうど２年ほど前、地球を訪れた日のことを語り始める。ドクロベエは宇宙からきたＸＹＺ星人だったのだ！
　ドクロリングに隠された秘密を知り、呆然とするドロンボーたち。すべてを語り終えたドクロベエはドクボンとともに地球を去ろうとするが、その前に、ドロンボーたちの願いが本当に叶えてやるべき価値のあるものかどうかを確かめるため、心の奥底に眠るいつわりのない欲望をのぞいてみることにする。口では金持ちになりたい、うまいものが食いたいなどとありきたりな欲望を語っていたドロンボーたちだったが、ドクロベエが見たのは本人たちすら気づいていない意外な「願い」だった。
　ドロンボーたちのくだらない願いに呆れるドクロベエ。しかし、ドクロベエが地球滞在中に目にした他の人間たちの欲望も、同様に身勝手でくだらないものばかりだった。ならば地球を離れる前に、自分の力で人間の欲望そのものを奪い去ってやろうと決断するドクロベエ。そうすれば欲望が原因で人間同士がみにくい争いをすることもなくなり地球は今より平和になるというのだ。しかしそれは同時に、「好きな誰かと一緒にいたい」という人としての根源的な願いすらも奪うことを意味していた。人間のささやかな願いを守りたい、そして２号を取り返したいという１号の「願い」が頂点に達したとき、その思いに応えるかのようにヤッターキングが現れる！
　果たしてドクロベエの暴走を食い止め、地球を崩壊から救うことはできるのか？　ドクボンに連れ去られたヤッターマン２号の運命は？　そしてドロンボーは今度こそ解散してしまうのか！？　ヤッターメカ全員の願いが詰まったメカの素で、ヤッターキングは最後のビックリドッキリメカを発進させる！