「世界のカブトムシがどれでも千円！」と客を集めるドロンボーのインチキ昆虫ショップ。図鑑で見るような珍しいカブトムシを手に入れ、大喜びのお客たちだったが、もちろんこれにはウラがあった。いつもながらくだらないインチキで金を稼いだドロンボーのもとにドクロベエからの指令が入る。情報によると、アマゾンのどこかに“コハクの宝庫”と呼ばれる幻の産地があり、そこに眠るドクロ型のコハクの中にドクロリングが埋まっているというのだ。さっそくドロンボーたちは装甲をクニャクニャと軟らかくしたりカチカチに堅くしたりできるクワガタ型メカ、その名も“オークニャカタ”でアマゾンを目指した。
　ドロンボーを追ってアマゾンへとやって来たヤッターマンたちの前に、いきなり現れた巨大ミノムシ。それは、虫を愛しすぎるあまりコスプレで昆虫になりきってしまった学者のムシゴロウだった。幻のカブトムシ・ブルービートルに魅せられたムシゴロウは、実物を一目見るため妻子を残して家を飛び出し、すでに十年が経っていた。ブルービートルははるか昔に絶滅した種だが“コハクの宝庫”ならコハクの中で化石になったブルービートルが見つかるかもしれないというのだ。「虫さんを怖がらせないように」とのムシゴロウの提案で１号、２号、オモッチャマはそれぞれカブトムシ、蝶、テントウ虫のコスプレをして、一緒に“コハクの宝庫”を探すことにする。一方、ドロンボーたちはジャングルで蚊に食われまくっていた。仕方なく、ドクロベエが用意したという虫除けの全身スーツを着込むが、そのデザインは蛾、フンコロガシ、ナメクジという、どこから見ても悪役の姿だった。どちらも昆虫の姿になったヤッターマンとドロンボーは、ついに“コハクの宝庫”を発見する。こうなったら力づくで相手を倒すしかない。それぞれの昆虫の特徴を活かした戦いで激突するヤッターマンとドロンボー。それでも決着はつかず、オークニャカタを呼び寄せたドロンボーに対抗するため、１号はヤッターアンコウをカブトムシ型に改造すると、昆虫メカバトルへと突入する！