外はお出かけ日和だというのに浮かない顔のアイちゃん。というのも、ガンちゃんがまた新しいメカ造りに熱中し、ちっとも遊んでくれないのだ。ガレージに籠りきりのガンちゃんを心配したアイちゃんは近所の遺跡発掘を見にガンちゃんを連れ出す。ところが、訪れた現場では怪しげな発掘イベントが行われていた。なんでも参加費さえ払えば「必ずお宝が見つかる」らしいのだが…。ちょうどそのころ世間では、親子で次々と遺跡を掘り当てるスコップ博士と娘のホリンが話題になり発掘ブームに湧いていた。そして今回の怪しげなイベントも発掘ブームに便乗したドロンボーたちが仕組んだものだった。そこへ現れたドクロベエの情報によると、ペルーのマチュピチュでホリン博士が探しているお宝こそがドクロリングに違いないという。さっそく、穴掘りとカラオケが得意なメカ・カラオケラーでマチュピチュを目指すドロンボーたち。
父であるスコップ博士の研究を助けて発掘作業を手伝っていた娘のホリンだったが、穴掘りばかりの毎日に嫌気がさし博士のもとを飛び出してしまう。ホリンにはアイドル歌手になるという夢があったのだが、父の研究のため今まで我慢してきたのだ。発掘現場を離れたホリンは、ドロンボーを追ってきたヤッターマンと出会う。一方、残されたスコップ博士のもとには協力者の振りをして近づくドロンボー一味の姿があった。
ヤッターマンからスコップ博士の身に危険が迫っていることを聞き、発掘現場へと戻ったホリンだったが、ドロンボー一味はすでに博士からお宝の場所を聞き出した後だった。解読した地図をもとにマグマ神殿の地下を掘り進むカラオケラー。ヤッターワンも負けじと掘るが、穴掘りのスピードではとても勝ち目はない。ピンチに陥ったヤッターワンの前に現れたのは、かねてよりガンちゃんが開発に没頭し、ついに完成させたヤッターモグラだった！「掘りますよ。掘ればいいんでしょ」なんだか不平の多い妙なメカだが、穴掘りにかけては抜群で、カラオケラーを猛追撃する。果たしてドクロリングは本物なのか！？
そして娘思いも博士が、どうしてもお宝を見つけたかった本当の理由とは！？