“総裁Ｘ”率いる悪の秘密結社ギャラクターが、世界征服作戦を開始した。この存在をいち早く察知した国際科学技術庁の南部博士は、特殊部隊“科学忍者隊”を招集。そのメンバーは、コンドルのジョー、白鳥のジュン、燕の甚平、みみずくの竜、そしてリーダーの“ガッチャマン”こと、大鷲の健の五人の少年少女。彼らは南部博士の指令のもと、大型戦闘偵察機“ゴッドフェニックス”に乗り込み、ギャラクターに敢然と戦いを挑む。
◇10月4日放送 ガッチャマン対タートル・キング◇ ─ ギャラクターの鉄獣タートル・キングが、各国のウラン貯蔵庫を襲った。国際科学技術庁の南部博士は、会議でこの事件はギャラクターの仕業だと告げる。彼の組織した科学忍者隊が、ゴッドフェニックスで出動する。
◇10月11日放送 ギャラクター島の決斗◇ ─ 両親の墓参りのため、ギャラクターの支配するビーシー島にやってきたジョー。彼の父はギャラクターの幹部だったが、組織を裏切って処刑されたのだ。カッツェはジョーが忍者隊ではないかと疑い、捕獲するように命令する。
◇10月18日放送 逆転！チェックメイトＸ◇ ─ ジョーは健康に不安を抱き、もぐりの医者の元を訪れる。そこで敵の女隊長を発見し、尾行する。行く先の鉄獣の中には、捕らえられた南部博士の姿があった。
◇10月25日放送 地球消滅！０００２◇ ─ ギャラクター本部の入り口を探す健たちは、瀕死のジョーを発見する。傷つき倒れたジョーをその場に残し、本部へ突入する四人。刻一刻と地球消滅が迫る中、ついにベルクカッツェを追い詰める健。果たして世界の、そして科学忍者隊の運命は！？
企画：鳥海尽三、陶山智│音楽：ボブ佐久間│プロデューサー：九里一平│総監督：鳥海永行│制作：タツノコプロ